一、蕨类植物——PPG I系统
PPG I系统是由PPG（“蕨类植物系统发育研究组”的英文Pteridophyte Phylogeny Group的缩写）建立的蕨类植物分类系统的第一版，是一个基本建立在分子系统发育研究之上的现代蕨类植物分类系统。它的前身是2011年克里斯滕许斯蕨类系统。PPG I系统在亚纲和目包含石松植物1个亚纲，而蕨类植物（链束植物）分为4个亚纲（木贼亚纲、瓶尔小草亚纲、合囊蕨亚纲和水龙骨亚纲），14目，51科。
二、裸子植物——克里斯滕许斯裸子植物系统
克里斯滕许斯裸子植物系统是荷兰植物学家马尔滕·克里斯滕许斯（Maarten J. M. Christenhusz）及其合作者在通过分子方法研究了裸子植物的系统发育之后，提出的裸子植物的分类系统。克里斯滕许斯裸子植物系统于2011年在Phytotaxa期刊上与2011年克里斯滕蕨类系统同时发表。克里斯滕许斯裸子植物系统在亚纲级别的处理上遵循了切斯-里维尔系统，在此之上也没有为现生裸子植物整体建立正式的分类群。全部4个亚纲共含8个目、12个科，其中，苏铁亚纲1目2科，银杏亚纲1目1科，买麻藤亚纲3目3科，松亚纲3目6科。
三、被子植物——APG IV系统
APG IV系统是于2016年发表在《林奈学会植物学报》的被子植物分类系统的第四版，由APG（“被子植物系统发育研究组”的英文Angiosperm Phylogeny Group的缩写）建立。APG IV系统将被子植物作为一个无等级的演化支，方便与植物界的各种高等级分类系统对接。APG IV系统共有64目，416科，数目适宜，便于应用和教学。因此，国际植物分类学界许多人用APG IV系统代替传统分类系统，作为学术研究和科学传播的基础工具和交流框架。
植物系统发生
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PPG I系统列表
1. 石松纲 Lycopodiopsida Bartl.
1. 石松亚纲 Lycopodiidae Bek.
01. 石松目 Lycopodiales DC. ex Bercht. & J. Presl
01. 石松科 Lycopodiaceae P. Beauv. ex Mirb.
02. 水韭目 Isoetales Prantl
02. 水韭科 Isoetaceae Dumort.
03. 卷柏目 Selaginellales Prantl
03. 卷柏科 Selaginellaceae Willk.
2. 水龙骨纲 Polypodiopsida Cronquist, Takht. & W. Zimm.
2. 木贼亚纲 Equisetidae Warm.
04. 木贼目 Equisetales DC. ex Bercht. & J. Presl
04. 木贼科 Equisetaceae Michx. ex DC.
3. 瓶尔小草亚纲 Ophioglossidae Klinge
05. 松叶蕨目 Psilotales Prantl
05. 松叶蕨科 Psilotaceae J. W. Griff. & Henfr.
06. 瓶尔小草目 Ophioglossales Link
06. 瓶尔小草科 Ophioglossaceae Martinov
4. 合囊蕨亚纲 Marattiidae Klinge
07. 合囊蕨目 Marattiales Link
07. 合囊蕨科 Marattiaceae Kaulf.
5. 水龙骨亚纲 Polypodiidae Cronquist, Takht. & Zimmerm.
08. 紫萁目 Osmundales Link
08. 紫萁科 Osmundaceae Martinov
09. 膜蕨目 Hymenophyllales A. B. Frank
09. 膜蕨科 Hymenophyllaceae Mart.
10. 里白目 Gleicheniales Schimp.
10. 罗伞蕨科 Matoniaceae C. Presl
11. 双扇蕨科 Dipteridaceae Seward & E. Dale
12. 里白科 Gleicheniaceae C. Presl
11. 莎草蕨目 Schizaeales Schimp.
13. 海金沙科 Lygodiaceae M. Roem.
14. 莎草蕨科 Schizaeaceae Kaulf.
15. 双穗蕨科 Anemiaceae Link
12. 槐叶蘋目 Salviniales Link
16. 槐叶蘋科 Salviniaceae Martinov
17. 蘋科 Marsileaceae Mirb.
13. 桫椤目 Cyatheales A. B. Frank
18. 伞序蕨科 Thyrsopteridaceae C. Presl
19. 柱囊蕨科 Loxsomataceae C. Presl
20. 垫囊蕨科 Culcitaceae Pic. Serm.
21. 瘤足蕨科 Plagiogyriaceae Bower
22. 金毛狗科 Cibotiaceae Korall
23. 丝囊蕨科 Metaxyaceae Pic. Serm.
24. 蚌壳蕨科 Dicksoniaceae M. R. Schomb., nom. cons.
25. 桫椤科 Cyatheaceae Kaulf.
14. 水龙骨目 Polypodiales Link
1. 袋囊蕨亚目 Saccolomatineae Hovenkamp
26. 袋囊蕨科 Saccolomataceae Doweld
2. 鳞始蕨亚目 Lindsaeineae Lehtonen & Tuomisto
27. 花楸蕨科 Cystodiaceae J. R. Croft
28. 番茄蕨科 Lonchitidaceae C. Presl ex M. R. Schomb.
29. 鳞始蕨科 Lindsaeaceae C. Presl ex M. R. Schomb.
3. 凤尾蕨亚目 Pteridineae J. Prado & Schuettp.
30. 凤尾蕨科 Pteridaceae E. D. M. Kirchn.
4. 碗蕨亚目 Dennstaedtiineae Schwartsb. & Hovenkamp
31. 碗蕨科 Dennstaedtiaceae Lotsy
5. 铁角蕨亚目 Aspleniineae H. Schneid. & C. J. Rothf.
32. 冷蕨科 Cystopteridaceae Schmakov
33. 轴果蕨科 Rhachidosoraceae X. C. Zhang
34. 肠蕨科 Diplaziopsidaceae X. C. Zhang & Christenh.
35. 链脉蕨科 Desmophlebiaceae Mynssen, A. Vasco, Sylvestre, R. C. Moran & Rouhan
36. 半网蕨科 Hemidictyaceae Christenh. & H. Schneid.
37. 铁角蕨科 Aspleniaceae Newman
38. 岩蕨科 Woodsiaceae Herter
39. 球子蕨科 Onocleaceae Pic. Serm.
40. 乌毛蕨科 Blechnaceae Newman
41. 蹄盖蕨科 Athyriaceae Alston
42. 金星蕨科 Thelypteridaceae Pic. Serm.
6. 水龙骨亚目 Polypodiineae Dumort.
43. 翼囊蕨科 Didymochlaenaceae Ching ex Li Bing Zhang & Liang Zhang
44. 肿足蕨科 Hypodematiaceae Ching
45. 鳞毛蕨科 Dryopteridaceae Herter, nom. cons.
46. 肾蕨科 Nephrolepidaceae Pic. Serm.
47. 藤蕨科 Lomariopsidaceae Alston
48. 三叉蕨科 Tectariaceae Panigrahi（包括爬树蕨科Arthropteridaceae和牙蕨科Pteridryaceae）
49. 蓧蕨科 Oleandraceae Ching ex Pic. Serm.
50. 骨碎补科 Davalliaceae M. R. Schomb.
51. 水龙骨科 Polypodiaceae J. Presl & C. Presl
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克里斯滕许斯裸子植物系统
1.苏铁亚纲 Cycadidae Pax
1.苏铁目 Cycadales Pers. ex Bercht. & J. Presl
1.苏铁科 Cycadaceae Pers., nom. cons.
2.泽米铁科 Zamiaceae Horan.
2.银杏亚纲 Ginkgoidae Engl.
2.银杏目 Ginkgoales Gorozh.
3.银杏科 Ginkgoaceae Engl., nom. cons.
3.买麻藤亚纲 Gnetidae Pax
3.百岁兰目 Welwitschiales Skottsb. ex Reveal
4.百岁兰科 Welwitschiaceae Caruel, nom. cons.
4.买麻藤目 Gnetales Blume
5.买麻藤科 Gnetaceae Blume, nom. cons.
5.麻黄目 Ephedrales Dumort.
6.麻黄科 Ephedraceae Dumort., nom. cons.
4.松亚纲 Pinidae Cronquist, Takht. & Zimmerm.
6.松目 Pinales Gorozh.
7.松科 Pinaceae Spreng. ex F. Rudolphi, nom. cons.
7.南洋杉目 Araucariales Gorozh.
8.南洋杉科 Araucariaceae Henkel & W. Hochst., nom. cons.
9.罗汉松科 Podocarpaceae Endl., nom. cons.
8.柏目 Cupressales Link
10.金松科 Sciadopityaceae Luerss.
11.柏科 Cupressaceae Gray, nom. cons.
12.红豆杉科 Taxaceae Gray, nom. cons.
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APG IV系统列表
被子植物基部群
一、无油樟目 Amborellales Melikyan, A. V. Bobrov & Zaytzeva
1．无油樟科 Amborellaceae Pichon, nom. cons.
二、睡莲目 Nymphaeales Salisb. ex Bercht. & J. Presl
2．独蕊草科 Hydatellaceae U. Hamann
3．莼菜科 Cabombaceae Rich. ex A. Rich., nom. cons.
4．睡莲科 Nymphaeaceae Salisb., nom. cons.
三、木兰藤目 Austrobaileyales Takht. ex Reveal
5．木兰藤科 Austrobaileyaceae Croizat, nom. cons.
6．苞被木科 Trimeniaceae Gibbs, nom. cons.
7．五味子科 Schisandraceae Blume, nom. cons.
木兰类
四、白樟目 Canellales Cronquist
8．白樟科 Canellaceae Mart., nom. cons.
9．林仙科 Winteraceae R. Br. ex Lindl., nom. cons.
五、胡椒目 Piperales Bercht. & J. Presl
10．三白草科 Saururaceae Rich. ex T. Lestib., nom. cons.
11．胡椒科 Piperaceae Giseke, nom. cons.
12．马兜铃科 Aristolochiaceae Juss., nom. cons. * （包括细辛科Asaraceae Vent.及APG III系统承认的鞭寄生科Hydnoraceae C. Agardh, nom. cons.和囊粉花科Lactoridaceae Engl., nom. cons.）
六、木兰目 Magnoliales Juss. ex Bercht. & J. Presl
13．肉豆蔻科 Myristicaceae R. Br., nom. cons.
14．木兰科 Magnoliaceae Juss., nom. cons.
15．单心木兰科 Degeneriaceae I. W. Bailey & A. C. Sm., nom. cons.
16．瓣蕊花科 Himantandraceae Diels, nom. cons.
17．帽花木科 Eupomatiaceae Orb., nom. cons.
18．番荔枝科 Annonaceae Juss., nom. cons.
七、樟目 Laurales Juss. ex Bercht. & J. Presl
19．蜡梅科 Calycanthaceae Lindl., nom. cons.
20．坛罐花科 Siparunaceae Schodde
21．奎乐果科 Gomortegaceae Reiche, nom. cons.
22．香皮檫科 Atherospermataceae R. Br.
23．莲叶桐科 Hernandiaceae Blume, nom. cons.
24．玉盘桂科 Monimiaceae Juss., nom. cons.
25．樟科 Lauraceae Juss., nom. cons.
独立支系：未置于更大的演化支中
八、金粟兰目 Chloranthales Mart.
26．金粟兰科 Chloranthaceae R. Br. ex Sims, nom. cons. * （原置于木兰类中）
单子叶植物分支
九、菖蒲目 Acorales Mart.
27．菖蒲科 Acoraceae Martinov
十、泽泻目 Alismatales R. Br. ex Bercht. & J. Presl
28．天南星科 Araceae Juss., nom. cons.
29．岩菖蒲科 Tofieldiaceae Takht.
30．泽泻科 Alismataceae Vent., nom. cons.
31．花蔺科 Butomaceae Mirb., nom. cons.
32．水鳖科 Hydrocharitaceae Juss., nom. cons.
33．冰沼草科 Scheuchzeriaceae F. Rudolphi, nom. cons.
34．水蕹科 Aponogetonaceae Planch., nom. cons.
35．水麦冬科 Juncaginaceae Rich., nom. cons. * （分出花香蒲科）
36．花香蒲科 Maundiaceae Nakai * （从水麦冬科分出）
37．大叶藻科 Zosteraceae Dumort., nom. cons.
38．眼子菜科 Potamogetonaceae Bercht. & J. Presl, nom. cons.
39．海神草科 Posidoniaceae Vines, nom. cons.
40．川蔓藻科 Ruppiaceae Horan., nom. cons.
41．丝粉藻科 Cymodoceaceae Vines, nom. cons.
十一、无叶莲目 Petrosaviales Takht.
42．无叶莲科 Petrosaviaceae Hutch., nom. cons.
十二、薯蓣目 Dioscoreales Mart.
43．沼金花科 Nartheciaceae Fr. ex Bjurzon
44．水玉簪科 Burmanniaceae Blume, nom. cons.（非单系，留待今后继续修订）
45．薯蓣科 Dioscoreaceae R. Br., nom. cons.（非单系，留待今后继续修订）
十三、露兜树目 Pandanales R. Br. ex Bercht. & J. Presl
46．霉草科 Triuridaceae Gardner, nom. cons.
47．翡若翠科 Velloziaceae J. Agardh, nom. cons.
48．百部科 Stemonaceae Caruel, nom. cons.
49．环花草科 Cyclanthaceae Poit. ex A. Rich., nom. cons.
50．露兜树科 Pandanaceae R. Br., nom. cons.
十四、百合目 Liliales Perleb
51．翠菱花科 Campynemataceae Dumort.
52．白玉簪科 Corsiaceae Becc., nom. cons.
53．藜芦科 Melanthiaceae Batsch, nom. cons.
54．花须藤科 Petermanniaceae Hutch, nom. cons.
55．六出花科 Alstroemeriaceae Dumort., nom. cons.
56．秋水仙科 Colchicaceae DC., nom. cons.
57．金钟木科 Philesiaceae Dumort., nom. cons.
58．鱼篓藤科 Ripogonaceae Conran & Clifford
59．菝葜科 Smilacaceae Vent., nom. cons.
60．百合科 Liliaceae Juss., nom. cons.
十五、天门冬目 Asparagales Link
61．兰科 Orchidaceae Juss., nom. cons.
62．耐旱草科 Boryaceae M. W. Chase, Rudall & Conran
63．火铃花科 Blandfordiaceae R. Dahlgren & Clifford
64．聚星草科 Asteliaceae Dumort.
65．雪绒兰科 Lanariaceae H. Huber ex R. Dahlgren
66．仙茅科 Hypoxidaceae R. Br., nom. cons.
67．矛花科 Doryanthaceae R. Dahlgren & Clifford
68．鸢尾蒜科 Ixioliriaceae Nakai（原作者误拼为'Ixiolirionaceae'）
69．蓝嵩莲科 Tecophilaeaceae Leyb., nom. cons.
70．鸢尾科 Iridaceae Juss., nom. cons.
71．鸢尾麻科 Xeronemataceae M. W. Chase, Rudall & M. F. Fay
72．阿福花科 Asphodelaceae Juss., nom. cons. * （由黄脂木科Xanthorrhoeaceae Dumort., nom. cons.更名）
73．石蒜科 Amaryllidaceae J. St.-Hil., nom. cons.
74．天门冬科 Asparagaceae Juss., nom. cons.
单子叶植物分支之鸭跖草类
十六、棕榈目 Arecales Bromhead
75．鼓槌草科 Dasypogonaceae Dumort.
76．棕榈科 Arecaceae Bercht. & J. Presl, nom. cons. (= Palmae Juss., nom. cons. et alt.)
十七、鸭跖草目 Commelinales Mirb. ex Bercht. & J. Presl
77．钵子草科 Hanguanaceae Airy Shaw
78．鸭跖草科 Commelinaceae Mirb., nom. cons.
79．田葱科 Philydraceae Link, nom. cons.
80．雨久花科 Pontederiaceae Kunth, nom. cons.
81．血草科 Haemodoraceae R. Br., nom. cons.
十八、姜目 Zingiberales Griseb.
82．鹤望兰科 Strelitziaceae Hutch., nom. cons.
83．兰花蕉科 Lowiaceae Ridl., nom. cons.
84．蝎尾蕉科 Heliconiaceae Vines
85．芭蕉科 Musaceae Juss., nom. cons.
86．美人蕉科 Cannaceae Juss., nom. cons.
87．竹芋科 Marantaceae R. Br., nom. cons.
88．闭鞘姜科 Costaceae Nakai
89．姜科 Zingiberaceae Martinov, nom. cons.
十九、禾本目 Poales Small
90．香蒲科 Typhaceae Juss., nom. cons.
91．凤梨科 Bromeliaceae Juss., nom. cons.
92．泽蔺花科 Rapateaceae Dumort., nom. cons.
93．黄眼草科 Xyridaceae C. Agardh, nom. cons.
94．谷精草科 Eriocaulaceae Martinov, nom. cons.
95．花水藓科 Mayacaceae Kunth, nom. cons.
96．梭子草科 Thurniaceae Engl., nom. cons.
97．灯芯草科 Juncaceae Juss., nom. cons.
98．莎草科 Cyperaceae Juss., nom. cons.
99．帚灯草科 Restionaceae R. Br., nom. cons. * （包括APG III系统承认的刷柱草科Anarthriaceae D. W. Cutler & Airy Shaw和刺鳞草科Centrolepidaceae Endl., nom. cons.）
100．须叶藤科 Flagellariaceae Dumort., nom. cons.
101．拟苇科 Joinvilleaceae Toml. & A. C. Sm.
102．沟秆草科 Ecdeiocoleaceae D. W. Cutler & Airy Shaw
103．禾本科 Poaceae Barnhart, nom. cons. (= Gramineae Juss., nom. cons. et alt.)
真双子叶植物的可能姐妹群
二十、金鱼藻目 Ceratophyllales Link
104．金鱼藻科 Ceratophyllaceae Gray, nom. cons.
真双子叶植物基部群
二十一、毛茛目 Ranunculales Juss. ex Bercht. & J. Presl
105．领春木科 Eupteleaceae K. Wilh., nom. cons.
106．罂粟科 Papaveraceae Juss., nom. cons.
107．星叶草科 Circaeasteraceae Hutch., nom. cons.
108．木通科 Lardizabalaceae Decne., nom. cons.
109．防己科 Menispermaceae Juss., nom. cons.
110．小檗科 Berberidaceae Juss., nom. cons.
111．毛茛科 Ranunculaceae Juss., nom. cons.
二十二、山龙眼目 Proteales Juss. ex Bercht. & J. Presl
112．清风藤科 Sabiaceae Blume, nom. cons. * （在APG III系统中独立为清风藤目Sabiales Takht.，现归并入山龙眼目）
113．莲科 Nelumbonaceae A. Rich., nom. cons.
114．悬铃木科 Platanaceae T. Lestib., nom. cons.
115．山龙眼科 Proteaceae Juss., nom. cons.
二十三、昆栏树目 Trochodendrales Takht. ex Cronquist
116．昆栏树科 Trochodendraceae Eichler, nom. cons.
二十四、黄杨目 Buxales Takht. ex Reveal
117．黄杨科 Buxaceae Dumort., nom. cons. * （包括APG III系统承认的无知果科Haptanthaceae C. Nelson）
核心真双子叶植物基部群
二十五、大叶草目 Gunnerales Takht. ex Reveal
118．折扇叶科 Myrothamnaceae Nied., nom. cons.
119．大叶草科 Gunneraceae Meisn., nom. cons.
二十六、五桠果目 Dilleniales DC. ex Bercht. & J. Presl †
120．五桠果科 Dilleniaceae Salisb., nom. cons.
超蔷薇类基部群
二十七、虎耳草目 Saxifragales Bercht. & J. Presl
121．围盘树科 Peridiscaceae Kuhlm., nom. cons.
122．芍药科 Paeoniaceae Raf., nom. cons.
123．蕈树科 Altingiaceae Lindl., nom. cons.
124．金缕梅科 Hamamelidaceae R. Br., nom. cons.
125．连香树科 Cercidiphyllaceae Engl., nom. cons.
126．虎皮楠科 Daphniphyllaceae Müll. Arg., nom. cons.
127．鼠刺科 Iteaceae J. Agardh, nom. cons.
128．茶藨子科 Grossulariaceae DC., nom. cons.
129．虎耳草科 Saxifragaceae Juss., nom. cons.
130．景天科 Crassulaceae J. St.-Hil., nom. cons.
131．隐瓣藤科 Aphanopetalaceae Doweld
132．四心木科 Tetracarpaeaceae Nakai
133．扯根菜科 Penthoraceae Rydb. ex Britton, nom. cons.
134．小二仙草科 Haloragaceae R. Br., nom. cons.
135．锁阳科 Cynomoriaceae Endl. ex Lindl., nom. cons. * （在APG III系统中独立为锁阳目Cynomoriales Burnett，现归并入虎耳草目）
蔷薇类
二十八、葡萄目 Vitales Juss. ex Bercht. & J. Presl
136．葡萄科 Vitaceae Juss., nom. cons.
蔷薇类之豆类基部群
二十九、蒺藜目 Zygophyllales Link
137．刺球果科 Krameriaceae Dumort., nom. cons.
138．蒺藜科 Zygophyllaceae R. Br., nom. cons.
蔷薇类之豆类之固氮分支
三十、豆目 Fabales Bromhead
139．皂皮树科 Quillajaceae D. Don
140．豆科 Fabaceae Lindl., nom. cons. (= Leguminosae Juss., nom. cons. et alt.)
141．海人树科 Surianaceae Arn., nom. cons.
142．远志科 Polygalaceae Hoffmanns. & Link, nom. cons.
三十一、蔷薇目 Rosales Bercht. & J. Presl
143．蔷薇科 Rosaceae Juss., nom. cons.
144．钩毛树科 Barbeyaceae Rendle, nom. cons.
145．八瓣果科 Dirachmaceae Hutch.
146．胡颓子科 Elaeagnaceae Juss., nom. cons.
147．鼠李科 Rhamnaceae Juss., nom. cons.
148．榆科 Ulmaceae Mirb., nom. cons.
149．大 麻科 Cannabaceae Martinov, nom. cons.
150．桑科 Moraceae Gaudich., nom. cons.
151．荨麻科 Urticaceae Juss., nom. cons.
三十二、壳斗目 Fagales Engl.
152．南青冈科 Nothofagaceae Kuprian.
153．壳斗科 Fagaceae Dumort., nom. cons.
154．杨梅科 Myricaceae Rich. ex Kunth, nom. cons.
155．胡桃科 Juglandaceae DC. ex Perleb, nom. cons.
156．木麻黄科 Casuarinaceae R. Br., nom. cons.
157．核果桦科 Ticodendraceae Gómez-Laur. & L. D. Gómez
158．桦木科 Betulaceae Gray, nom. cons.
三十三、葫芦目 Cucurbitales Juss. ex Bercht. & J. Presl
159．风生花科 Apodanthaceae Tiegh. ex Takht. * （原本位置未定，现明确置于葫芦目）
160．异叶木科 Anisophylleaceae Ridl.
161．毛利果科 Corynocarpaceae Engl., nom. cons.
162．马桑科 Coriariaceae DC., nom. cons.
163．葫芦科 Cucurbitaceae Juss., nom. cons.
164．四数木科 Tetramelaceae Airy Shaw
165．野麻科 Datiscaceae Dumort., nom. cons.
166．秋海棠科 Begoniaceae C. Agardh, nom. cons.
蔷薇类之COM分支，位置未定
三十四、卫矛目 Celastrales
167．鳞球穗科 Lepidobotryaceae J. Léonard, nom. cons.
168．卫矛科 Celastraceae R. Br., nom. cons. * （在APG III系统中位置未定的Nicobariodendron Vasudeva Rao & Chakrab.现明确置于此处）
三十五、酢浆草目 Oxalidales Bercht. & J. Presl
169．蒜树科 Huaceae A. Chev.
170．牛栓藤科 Connaraceae R. Br., nom. cons.
171．酢浆草科 Oxalidaceae R. Br., nom. cons.
172．合椿梅科 Cunoniaceae R. Br., nom. cons.
173．杜英科 Elaeocarpaceae Juss., nom. cons.
174．土瓶草科 Cephalotaceae Dumort., nom. cons.
175．槽柱花科 Brunelliaceae Engl., nom. cons.
三十六、金虎尾目 Malpighiales Juss. ex Bercht. & J. Presl
176．小盘木科 Pandaceae Engl. & Gilg, nom. cons.
177．假杧果科 Irvingiaceae Exell & Mendonça, nom. cons. * （包括从黏木科转来的扭爿木属Allantospermum Forman)
178．泥沱树科 Ctenolophonaceae Exell & Mendonça
179．红树科 Rhizophoraceae Pers., nom. cons.
180．古柯科 Erythroxylaceae Kunth, nom. cons.
181．金莲木科 Ochnaceae DC., nom. cons.
182．泽茶科 Bonnetiaceae L. Beauvis. ex Nakai
183．藤黄科 Clusiaceae Lindl., nom. cons. (= Guttiferae Juss., nom. cons. et alt.)
184．红厚壳科 Calophyllaceae J. Agardh
185．川苔草科 Podostemaceae Rich. ex Kunth, nom. cons.
186．金丝桃科 Hypericaceae Juss., nom. cons.
187．油桃木科 Caryocaraceae Voigt, nom. cons.
188．五翼果科 Lophopyxidaceae H. Pfeiff.
189．核果木科 Putranjivaceae Meisn.
190．安神木科 Centroplacaceae Doweld & Reveal
191．沟繁缕科 Elatinaceae Dumort., nom. cons.
192．金虎尾科 Malpighiaceae Juss., nom. cons.
193．橡子木科 Balanopaceae Benth. & Hook. f., nom. cons.
194．三角果科 Trigoniaceae A. Juss., nom. cons.
195．毒鼠子科 Dichapetalaceae Baill., nom. cons.
196．银鹃木科 Euphroniaceae Marc.-Berti
197．可可李科 Chrysobalanaceae R. Br., nom. cons.
198．香膏木科 Humiriaceae A. Juss., nom. cons.
199．青钟麻科 Achariaceae Harms, nom. cons.
200．堇菜科 Violaceae Batsch, nom. cons.
201．尾瓣桂科 Goupiaceae Miers
202．西番莲科 Passifloraceae Juss. ex Roussel, nom. cons.
203．荷包柳科 Lacistemataceae Mart., nom. cons.
204．杨柳科 Salicaceae Mirb., nom. cons.
205．蚌壳木科 Peraceae Klotzsch * （从大戟科分出）
206．大花草科 Rafflesiaceae Dumort., nom. cons.
207．大戟科 Euphorbiaceae Juss., nom. cons. * （分出蚌壳木科）
208．亚麻科 Linaceae DC. ex Perleb, nom. cons.
209．黏木科 Ixonanthaceae Planch. ex Miq., nom. cons. * （扭爿木属Allantospermum Forman转入假杧果科）
210．苦皮桐科 Picrodendraceae Small, nom. cons.
211．叶下珠科 Phyllanthaceae Martinov, nom. cons.
蔷薇类之锦葵类
三十七、牻牛儿苗目 Geraniales Juss. ex Bercht. & J. Presl
212．牻牛儿苗科 Geraniaceae Juss., nom. cons.
213．新妇花科 Francoaceae A. Juss., nom. cons. * （由蜜花科Melianthaceae Horan., nom. cons.更名，包括蜜花科以及娑羽树科Bersamaceae Doweld、红鹃木科Greyiaceae Hutch., nom. cons.、寒露梅科Ledocarpaceae Meyen、喙果木科Rhynchothecaceae A. Juss.和APG III系统承认的巍安草科Vivianiaceae Klotzsch, nom. cons.）
三十八、桃金娘目 Myrtales Juss. ex Bercht. & J. Presl
214．使君子科 Combretaceae R. Br., nom. cons.
215．千屈菜科 Lythraceae J. St.-Hil., nom. cons.
216．柳叶菜科 Onagraceae Juss., nom. cons.
217．萼囊花科 Vochysiaceae A. St.-Hil., nom. cons.
218．桃金娘科 Myrtaceae Juss., nom. cons.
219．野牡丹科 Melastomataceae Juss., nom. cons.
220．隐翼木科 Crypteroniaceae A. DC., nom. cons.
221．双隔果科 Alzateaceae S. A. Graham
222．管萼木科 Penaeaceae Sweet ex Guill., nom. cons.
三十九、缨子木目 Crossosomatales Takht. ex Reveal
223．脱皮檀科 Aphloiaceae Takht.
224．四轮梅科 Geissolomataceae A. DC., nom. cons.
225．栓皮果科 Strasburgeriaceae Tiegh., nom. cons.
226．省沽油科 Staphyleaceae Martinov, nom. cons.
227．马拉花科 Guamatelaceae S. H. Oh & D. Potter
228．旌节花科 Stachyuraceae J. Agardh, nom. cons.
229．缨子木科 Crossosomataceae Engl., nom. cons.
四十、苦榄木目 Picramniales Doweld
230．苦榄木科 Picramniaceae Fernando & Quinn
四十一、腺椒树目 Huerteales Doweld
231．柳红莓科 Gerrardinaceae M. H. Alford
232．红毛椴科 Petenaeaceae Christenh., M. F. Fay & M. W. Chase * （仅含红毛椴属Petenaea Lundell，在APG III系统中为位置未定属，现独立为科）
233．瘿椒树科 Tapisciaceae Takht.
234．十齿花科 Dipentodontaceae Merr., nom. cons.
四十二、无患子目 Sapindales Juss. ex Bercht. & J. Presl
235．熏倒牛科 Biebersteiniaceae Schnizl.
236．白刺科 Nitrariaceae Lindl.
237．四合椿科 Kirkiaceae Takht.
238．橄榄科 Burseraceae Kunth, nom. cons.
239．漆树科 Anacardiaceae R. Br., nom. cons.
240．无患子科 Sapindaceae Juss., nom. cons. （包括文冠果科Xanthocerataceae Buerki, Callm. & Lowry，原作者误拼为'Xanthoceraceae'）
241．芸香科 Rutaceae Juss., nom. cons.
242．苦木科 Simaroubaceae DC., nom. cons.
243．楝科 Meliaceae Juss., nom. cons.
四十三、锦葵目 Malvales Juss. ex Bercht. & J. Presl
244．岩寄生科 Cytinaceae A. Rich.
245．文定果科 Muntingiaceae C. Bayer, M. W. Chase & M. F. Fay
246．沙莓草科 Neuradaceae Kostel., nom. cons.
247．锦葵科 Malvaceae Juss., nom. cons.
248．龙眼茶科 Sphaerosepalaceae Bullock
249．瑞香科 Thymelaeaceae Juss., nom. cons.
250．红木科 Bixaceae Kunth, nom. cons.
251．半日花科 Cistaceae Juss., nom. cons. * （包括从龙脑香科转来的洪青木属Pakaraimaea Maguire & P. S. Ashton）
252．苞杯花科 Sarcolaenaceae Caruel, nom. cons.
253．龙脑香科 Dipterocarpaceae Blume, nom. cons. * （洪青木属Pakaraimaea Maguire & P. S. Ashton转入半日花科）
四十四、十字花目 Brassicales Bromhead
254．叠珠树科 Akaniaceae Stapf, nom. cons.
255．旱金莲科 Tropaeolaceae Juss. ex DC., nom. cons.
256．辣木科 Moringaceae Martinov, nom. cons.
257．番木瓜科 Caricaceae Dumort., nom. cons.
258．沼沫花科 Limnanthaceae R. Br., nom. cons.
259．青莲木科 Setchellanthaceae Iltis
260．刺枝木科 Koeberliniaceae Engl., nom. cons.
261．肉穗果科 Bataceae Mart. ex Perleb, nom. cons.
262．刺茉莉科 Salvadoraceae Lindl., nom. cons.
263．丝履花科 Emblingiaceae Airy Shaw
264．芹味草科 Tovariaceae Pax, nom. cons.
265．忘忧果科 Pentadiplandraceae Hutch. & Dalziel
266．环蕊木科 Gyrostemonaceae A. Juss., nom. cons.
267．木樨草科 Resedaceae Martinov, nom. cons. * （包括节蒴木科Borthwickiaceae J. X. Su, W. Wang, Li Bing Zhang & Z. D. Chen、斑果藤科Stixaceae Doweld（论文中错误地以'Stixidaceae'为正确拼写）和Forchhammeria Liebm.，它们在APG III系统中属山柑科）
268．山柑科 Capparaceae Juss., nom. cons. * （上述类群转入木樨草科；此外Keithia Spreng.和Poilanedora Gagnep.成为位置未定属）
269．白花菜科 Cleomaceae Bercht. & J. Presl
270．十字花科 Brassicaceae Burnett, nom. cons. (= Cruciferae Juss., nom. cons. et alt.)
超菊类基部群
四十五、红珊藤目 Berberidopsidales Doweld
271．毒羊树科 Aextoxicaceae Engl. & Gilg, nom. cons.
272．红珊藤科 Berberidopsidaceae Takht.
四十六、檀香目 Santalales R. Br. ex Bercht. & J. Presl
273．铁青树科 Olacaceae R. Br., nom. cons.（非单系，包括兜帽果科Aptandraceae Miers、檀榛科Coulaceae Tiegh.、赤苍藤科Erythropalaceae Planch. ex Miq., nom. cons.、蚊母檀科Octoknemaceae Soler. nom. cons.、润肺木科Strombosiaceae Tiegh.和海檀木科Ximeniaceae Horan.）
274．山柚子科 Opiliaceae Valeton, nom. cons.
275．蛇菰科 Balanophoraceae Rich., nom. cons.
276．檀香科 Santalaceae R. Br., nom. cons.（如果蛇菰科Balanophoraceae嵌入其中则非单系；包括榄仁檀科Amphorogynaceae Nickrent & Der、木玫檀科Cervantesiaceae Nickrent & Der、柳檀草科Comandraceae Nickrent & Der、藓檀草科Nanodeaceae Nickrent & Der、百蕊草科Thesiaceae Vest和槲寄生科Viscaceae Batsch）
277．羽毛果科 Misodendraceae J. Agardh, nom. cons.
278．青皮木科 Schoepfiaceae Blume
279．桑寄生科 Loranthaceae Juss., nom. cons.
四十七、石竹目 Caryophyllales Juss. ex Bercht. & J. Presl
280．瓣鳞花科 Frankeniaceae Desv., nom. cons.
281．柽柳科 Tamaricaceae Link, nom. cons.
282．白花丹科 Plumbaginaceae Juss., nom. cons.
283．蓼科 Polygonaceae Juss., nom. cons.
284．茅膏菜科 Droseraceae Salisb., nom. cons.
285．猪笼草科 Nepenthaceae Dumort., nom. cons.
286．露松科 Drosophyllaceae Chrtek, Slavíková & Studnička
287．双钩叶科 Dioncophyllaceae Airy Shaw, nom. cons.
288．钩枝藤科 Ancistrocladaceae Planch. ex Walp., nom. cons.
289．棒状木科 Rhabdodendraceae Prance
290．油蜡树科 Simmondsiaceae Tiegh.
291．唐松木科 Physenaceae Takht.
292．翼萼茶科 Asteropeiaceae Takht. ex Reveal & Hoogland
293．灯粟草科 Macarthuriaceae Christenh. * （从粟米草科分出）
294．鬼椒草科 Microteaceae Schäferhoff & Borsch * （从粟米草科分出）
295．石竹科 Caryophyllaceae Juss., nom. cons.
296．玛瑙果科 Achatocarpaceae Heimerl, nom. cons.
297．苋科 Amaranthaceae Juss., nom. cons.
298．鹂眼果科 Stegnospermataceae Nakai
299．麻粟草科 Limeaceae Shipunov ex Reveal
300．黄尾蓬科 Lophiocarpaceae Doweld & Reveal
301．蓬粟草科 Kewaceae Christenh. * （从粟米草科分出）
302．商陆藤科 Barbeuiaceae Nakai
303．针晶粟草科 Gisekiaceae Nakai
304．番杏科 Aizoaceae Martinov, nom. cons.
305．商陆科 Phytolaccaceae R. Br., nom. cons. * （分出蒜香草科；萝卜藤亚科Agdestidoideae Nowicke暂时位置未定，可置于肉刺蓬科，或独立为萝卜藤科Agdestidaceae Nakai）
306．蒜香草科 Petiveriaceae C. Agardh * （从商陆科分出，包括数珠珊瑚科Rivinaceae C. Agardh）
307．肉刺蓬科 Sarcobataceae Behnke（萝卜藤亚科可暂时置于此处）
308．紫茉莉科 Nyctaginaceae Juss., nom. cons.
309．粟米草科 Molluginaceae Bartl., nom. cons. * （分出灯粟草科、鬼椒草科和蓬粟草科）
310．水卷耳科 Montiaceae Raf.
311．刺戟木科 Didiereaceae Radlk., nom. cons.
312．落葵科 Basellaceae Raf., nom. cons.
313．南荒蓬科 Halophytaceae A. Soriano
314．土人参科 Talinaceae Doweld
315．马齿苋科 Portulacaceae Juss., nom. cons.
316．回欢草科 Anacampserotaceae Eggli & Nyffeler
317．仙人掌科 Cactaceae Juss., nom. cons.
菊类
四十八、山茱萸目 Cornales Link
318．蓝果树科 Nyssaceae Juss. ex Dumort., nom. cons. * （从山茱萸科分出）
319．水穗草科 Hydrostachyaceae Engl., nom. cons.
320．绣球科 Hydrangeaceae Dumort., nom. cons.
321．刺莲花科 Loasaceae Juss., nom. cons.
322．铩木科 Curtisiaceae Takht.
323．愚人莓科 Grubbiaceae Endl. ex Meisn., nom. cons.
324．山茱萸科 Cornaceae Bercht. & J. Presl, nom. cons. * （分出蓝果树科）
四十九、杜鹃花目 Ericales Bercht. & J. Presl
325．凤仙花科 Balsaminaceae A. Rich., nom. cons.
326．蜜囊花科 Marcgraviaceae Bercht. & J. Presl, nom. cons.
327．四贵木科 Tetrameristaceae Hutch.
328．福桂树科 Fouquieriaceae DC., nom. cons.
329．花荵科 Polemoniaceae Juss., nom. cons.
330．玉蕊科 Lecythidaceae A. Rich., nom. cons.
331．肋果茶科 Sladeniaceae Airy Shaw
332．五列木科 Pentaphylacaceae Engl., nom. cons.
333．山榄科 Sapotaceae Juss., nom. cons.
334．柿科 Ebenaceae Gürke, nom. cons.
335．报春花科 Primulaceae Batsch, nom. cons.
336．山茶科 Theaceae Mirb., nom. cons.
337．山矾科 Symplocaceae Desf., nom. cons.
338．岩梅科 Diapensiaceae Lindl., nom. cons.
339．安息香科 Styracaceae DC. & Spreng., nom. cons.
340．瓶子草科 Sarraceniaceae Dumort., nom. cons.
341．捕虫木科 Roridulaceae Martinov, nom. cons.
342．猕猴桃科 Actinidiaceae Engl. & Gilg, nom. cons.
343．桤叶树科 Clethraceae Klotzsch, nom. cons.
344．鞣木科 Cyrillaceae Lindl., nom. cons.
345．杜鹃花科 Ericaceae Juss., nom. cons.
346．帽蕊草科 Mitrastemonaceae Makino, nom. cons.（目内位置未定，暂放最后）
菊类之唇形类
五十、茶茱萸目 Icacinales Tiegh. †
347．钩药茶科 Oncothecaceae Kobuski ex Airy Shaw
348．茶茱萸科 Icacinaceae Miers, nom. cons. * （部分属转入水螅花科）
五十一、水螅花目 Metteniusales Takht. †
349．水螅花科 Metteniusaceae H. Karst. ex Schnizl. * （部分属从茶茱萸科转入）
五十二、丝缨花目 Garryales Mart.
350．杜仲科 Eucommiaceae Engl., nom. cons.
351．丝缨花科 Garryaceae Lindl., nom. cons.
五十三、龙胆目 Gentianales Juss. ex Bercht. & J. Presl
352．茜草科 Rubiaceae Juss., nom. cons.
353．龙胆科 Gentianaceae Juss., nom. cons.
354．马钱科 Loganiaceae R. Br. ex Mart., nom. cons. * （伞囊木属Sanango Banting & Duke转入苦苣苔科）
355．钩吻科 Gelsemiaceae Struwe & V. A. Albert * （包括原本位置未定的鼠莉木科Pteleocarpaceae Brummitt）
356．夹竹桃科 Apocynaceae Juss., nom. cons.
五十四、紫草目 Boraginales Juss. ex Bercht. & J. Presl †
357．紫草科 Boraginaceae Juss., nom. cons.（包括刺钟花科Codonaceae Weigend & Hilger、双柱紫草科Coldeniaceae J. S. Mill. & Gottschling、破布木科Cordiaceae R. Br. ex Dumort., nom. cons.、厚壳树科Ehretiaceae Mart., nom. cons.、天芥菜科Heliotropiaceae Schrad., nom. cons.、干戈花科Hoplestigmataceae Gilg, nom. cons.、水叶草科Hydrophyllaceae R. Br., nom. cons.、沙菰科Lennoaceae Solms, nom. cons.、琴钟花科Namaceae Molinari、蒴紫草科Wellstedia Novák，APG IV决定不予拆分）
五十五、黄漆姑目 Vahliales Doweld †
358．黄漆姑科 Vahliaceae Dandy
五十六、茄目 Solanales Juss. ex Bercht. & J. Presl
359．旋花科 Convolvulaceae Juss., nom. cons.
360．茄科 Solanaceae Juss., nom. cons.
361．瓶头梅科 Montiniaceae Nakai, nom. cons.
362．楔瓣花科 Sphenocleaceae T. Baskerv., nom. cons.
363．田基麻科 Hydroleaceae R. Br.
五十七、唇形目 Lamiales Bromhead
364．戴缨木科 Plocospermataceae Hutch.
365．香茜科 Carlemanniaceae Airy Shaw
366．木樨科 Oleaceae Hoffmanns. & Link, nom. cons.
367．四核香科 Tetrachondraceae Wettst.
368．荷包花科 Calceolariaceae Olmstead
369．苦苣苔科 Gesneriaceae Rich. & Juss., nom. cons. * （伞囊木属Sanango Banting & Duke从马钱科转入；盾药花属Peltanthera Benth.在APG IV系统中视为位置存疑、未指定科的属，后独立为盾药花科Peltantheraceae Molinari，置于荷包花科之前）
370．车前科 Plantaginaceae Juss., nom. cons.
371．玄参科 Scrophulariaceae Juss., nom. cons. * （地黄科Rehmanniaceae Reveal转入列当科）
372．耀仙木科 Stilbaceae Kunth, nom. cons.
373．母草科 Linderniaceae Borsch, K. Müll. & Eb. Fisch.
374．腺毛草科 Byblidaceae Domin, nom. cons.
375．角胡麻科 Martyniaceae Horan., nom. cons.
376．芝麻科 Pedaliaceae R. Br., nom. cons.
377．爵床科 Acanthaceae Juss., nom. cons.
378．紫葳科 Bignoniaceae Juss., nom. cons.
379．狸藻科 Lentibulariaceae Rich., nom. cons.
380．钟萼桐科 Schlegeliaceae Reveal
381．猩猩茶科 Thomandersiaceae Sreem.
382．马鞭草科 Verbenaceae J. St.-Hil., nom. cons.
383．唇形科 Lamiaceae Martinov, nom. cons. (= Labiatae Juss., nom. cons. et alt.)
384．通泉草科 Mazaceae Reveal * （从透骨草科分出）
385．透骨草科 Phrymaceae Schauer, nom. cons. * （分出通泉草科）
386．泡桐科 Paulowniaceae Nakai（包括后来独立并置于本科之前的美丽桐科Wightiaceae Bo Li, Bing Liu, Su Liu & Y. H. Tan）
387．列当科 Orobanchaceae Vent., nom. cons. * （包括钟萼草科Lindenbergiaceae Doweld和从玄参科转出的地黄科Rehmanniaceae Reveal）
菊类之桔梗类
五十八、冬青目 Aquifoliales Senft
388．粗丝木科 Stemonuraceae Kårehed
389．心翼果科 Cardiopteridaceae Blume, nom. cons.
390．叶顶花科 Phyllonomaceae Small
391．青荚叶科 Helwingiaceae Decne.
392．冬青科 Aquifoliaceae Bercht. & J. Presl, nom. cons.
五十九、菊目 Asterales Link
393．守宫花科 Rousseaceae DC.
394．桔梗科 Campanulaceae Juss., nom. cons.
395．五膜草科 Pentaphragmataceae J. Agardh, nom. cons.
396．花柱草科 Stylidiaceae R. Br., nom. cons.
397．岛海桐科 Alseuosmiaceae Airy Shaw
398．新冬青科 Phellinaceae Takht.
399．雪叶木科 Argophyllaceae Takht.
400．睡菜科 Menyanthaceae Dumort., nom. cons.
401．草海桐科 Goodeniaceae R. Br., nom. cons.
402．萼角花科 Calyceraceae R. Br. ex Rich., nom. cons.
403．菊科 Asteraceae Bercht. & J. Presl, nom. cons. (= Compositae Giseke, nom. cons. et alt.)
六十、南鼠刺目 Escalloniales Mart.
404．南鼠刺科 Escalloniaceae R. Br. ex Dumort., nom. cons.
六十一、绒球花目 Bruniales Dumort.
405．弯药树科 Columelliaceae D. Don, nom. cons.
406．绒球花科 Bruniaceae R. Br. ex DC., nom. cons.
六十二、盔被花目 Paracryphiales Takht. ex Reveal
407．盔被花科 Paracryphiaceae Airy Shaw
六十三、川续断目 Dipsacales Juss. ex Bercht. & J. Presl
408．五福花科 Adoxaceae E. Mey., nom. cons. (= 荚蒾科Viburnaceae Raf., nom. cons. prop.)
409．忍冬科 Caprifoliaceae Juss., nom. cons.
六十四、伞形目 Apiales Nakai
410．毛柴木科 Pennantiaceae J. Agardh
411．鞘柄木科 Torricelliaceae Hu
412．南茱萸科 Griseliniaceae Takht., nom. cons. prop.
413．海桐科 Pittosporaceae R. Br., nom. cons.
414．五加科 Araliaceae Juss., nom. cons.
415．裂果枫科 Myodocarpaceae Doweld
416．伞形科 Apiaceae Lindl., nom. cons. (= Umbelliferae Juss., nom. cons. et alt.)
文中使用的符号：
* = 与2009年的APG III系统相比新增的科或范围、名称有变化的科
† = 与APG III系统相比新增的目
参考资料：中国植物智、多识植物百科
